Микробиолошка секција у овом облику је покренута после другог светског рата 1949. године, а мало затим формирано је и Друштво микробиолога Југославије 1950. године. Микробиолошка секција СЛД и данас активно ради, а тренутно има преко 200 чланова.

Јуна 2009. године формирано је и Удружење микробиолога Србије. Активности и рад Удружења се одвијају у оквиру две секције: Секција за општу и примењену микробиологију и Секција за медицинску микробиологију. Удружење има мултидисциплинарни карактер, представљајући микробиологију као спој науке и праксе.

Основни циљ овог удружења је да окупи микробиологе који долазе из различитих институција и области, које обухватају медицину, фармацију, прехрамбену технологију, биологију, генетику, екологију, ветеринарску медицину, биотехнологију, фитопатологију и многе друге.